Sjálfstæði Ríkisendurskoðunar felst í því að þótt stofnunin heyri stjórnskipulega undir Alþingi þá velur hún sjálf og skipuleggur verkefni sín.

Í 1. gr. laga um ríkisendurskoðanda og endurskoðun ríkisreikinga segir að ríkisendurskoðandi sé ,,sjálfstæður og engum háður í störfum sínum“.  Jafnframt segir að hann ákveði „sjálfur hvernig hann sinnir hlutverki sínu samkvæmt lögum þessum“.

Stjórnskipunar- og eftirlitsnefnd þingsins getur, skv. 17. gr., ýmist að eigin frumkvæði eða samkvæmt tillögu sem henni berst, farið fram á að ríkisendurskoðandi taki saman skýrslur um málefni sem falla undir starfssvið hans. Sama gildir ef níu þingmenn óska í þingsal eftir skýrslu.

Þó svo að Alþingi geti farið fram á ríkisendurskoðandi taki saman skýrslur, þá ákveður hann hvort beiðnir um skýrslur verði teknar til athugunar, hvernig efni þeirra er afmarkað, hvaða aðferðum er beitt og hvenær þeim er skilað.

Ríkisendurskoðun er því í senn sjálfstæð gagnvart Alþingi og algerlega óháð framkvæmdarvaldinu. Að þessu leyti er staða Ríkisendurskoðunar svipuð og systurstofnana hennar í nágrannalöndunum. Hvarvetna er litið svo á að sjálfstæð staða sé forsenda þess að ríkisendurskoðanir geti sinnt hlutverki sínu.
Sjá nánar:
Lög um Ríkisendurskoðun
Staðlar Alþjóðasamtaka ríkisendurskoðana (INTOSAI)